En 1875, tras el asesinato de García Moreno, Alfaro volvió al Ecuador y combatió al gobierno de Antonio Borrero. Apoyó el golpe de Estado de Veintemilla en contra de Borrero, el 8 de septiembre de 1876, tras el cual fue nombrado coronel. Pero meses después se declaró contrario a Veintemilla, que no cumplió el programa liberal prometido. A inicios de 1883, Alfaro fue proclamado jefe supremo de Manabí y Esmeraldas y organizó un ejército que derrotó al dictador, cuyo último reducto, Guayaquil, cayó el 9 de julio de 1883. Sus adversarios se referían a él con el sobrenombre burlesco de "general de las derrotas", debido a sus fracasos militares. Pero las cosas cambiaron al estallar el escándalo de "la venta de la bandera", el 3 de enero de 1895. En junio de ese año se desató la Revolución Liberal en Guayaquil: el presidente Luis Cordero debió renunciar, y Alfaro, que estaba en Panamá, fue proclamado jefe supremo.
Más notable fue el segundo gobierno alfarista, vigente entre enero de 1906 y agosto de 1911. En este período se promulgó la Constitución de 1906, "la carta magna del liberalismo ecuatoriano"; se continuó la construcción del ferrocarril transandino, que arribó a Quito el 25 de junio de 1908; se consolidó la secularización en la enseñanza pública, y se realizaron también obras de infraestructura y comunicación. En 1910 en las elecciones de 1911, el gobierno alfarista impuso a su candidato Emilio Estrada mediante un fraude, pero Alfaro se arrepintió de tal maniobra y quiso obtener la renuncia de Estrada mediante la convocatoria a un congreso extraordinario.
Fuente:
http://www.hipecuador.com/html/ups/persons/politics/eloy_alfaro.htm
